1897
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Já a bordo do iate real Amélia II que media 45 metros, pesava 301 toneladas e alcançava uma velocidade de 10 a 11 nós, D. Carlos I dedicou a sua segunda expedição oceanográfica às pesquisas zoológicas.
Embora continuasse dedicado a estudar e foz do Tejo e a Lagoa de Albufeira, concentrou as suas pesquisas em várias incursões que fez entre os dias 21 de abril e 4 de outubro, entre o Cabo Espichel e Sines.
Para as dragagens foram lançados grandes palancres (espinhéis) - os mesmos aparelhos que os pescadores de Setúbal e do Algarve - usavam e a uma profundidade que chegava aos 1700 metros. Para a pesca em alto-mar, usou uma lâmpada elétrica de imersão que descia até aos 8 metros de profundidade
Esta expedição permitiu a recolha e catalogação de espécies como o Tubarão Prego, o Paguro/Eremita, a Cenoura do Mar ou o Romeirinho.