1899
D. Carlos I volta a fazer uma expedição oceanográfica entre os dias 19 de maio e 30 de outubro de 1899, explorando novamente regiões que já conhecia como a foz de Sesimbra e o Cabo Espichel.
Esta expedição serviu para aprofundar os resultados obtidos na primeira campanha em 1896, e identificar espécies como o tubarão albafar, a freirinha ou o peixe cobrelo. Foram realizadas sondagens e dragagens a uma profundidade de 1856 metros.
Nesta campanha o Rei D. Carlos I fez-se acompanhar pelo irmão, o Príncipe D. Afonso, Duque do Porto e pelo Marquês do Faial. D. Afonso acompanhava o irmão sempre que podia (em 1886 recolheu uma esponja por exemplo).
Neste mesmo ano, Alberto Girard, consagrado cientista do então designado Museu Nacional de Lisboa e que acompanhava D.Carlos I nas suas campanhas, realizou uma série de pesquisas oceanográficas na costa algarvia para determinar a relação entre as variações e abundância do atum.