1898
No ano de inauguração do Aquário Vasco da Gama, a 20 de maio de 1898, o rei D. Carlos realiza a sua terceira expedição oceanográfica e entre 10 de junho e 28 de outubro, com várias incursões entre a Baía de Cascais, a Lagoa de Albufeira e Tróia.
Faz ainda a sua primeira incursão na costa algarvia onde se dedica à pesquisa sobre a pesca do Atum, em conjunto com os pescadores da região. Pela primeira vez é possível estabelecer uma ligação entre as migrações deste peixe e as variações térmicas verificadas no meio marinho. Os resultados dessa pesquisa viriam a ser publicados em Mémoires sur les recherches scientifiques du yacht Amelia.
Durante esta campanha capturou e catalogou, ainda, espécies como o Lírio Imperial, o Espadarte, a Galeota Maior ou o Charroco.